关键词:
可变剪接
序列联配
数据库应用
网页设计与制作
可变剪接模式预测
摘要:
可变剪接是由于基因转录产生的mRNA前体中的外显子在分离和重新连接时,进行的可变的重新组合的过程。这些不同的线性组合在翻译过程中会导致不同的蛋白质产物被合成。这种可变剪接在蛋白质的多样性和多种生命调节过程中有着重要的意义。因此,可变剪接在基因的调控和蛋白质的合成的研究中,有非常重要的地位。在分析和比较了传统的搜索可变剪接模式的算法和软件的优缺点的基础上,本文提出了一种新的搜索可变剪接模式的方案。这个方案所采用的算法是基于以下假设:cDNA序列与对应基因的最佳联配等同于cDNA与mRNA的最佳联配。利用这个算法,我们建立了基于最优搜索的基因可变剪接预测平台,并以此最优预测搜索平台为引擎构建一个水稻的可变基因剪接数据库,并将最终结果在网页上功能化显示。本文的具体工作如下:
1.系统介绍了可变剪接的理论基础和意义,并对现有的可变剪接模式的搜索方式以及所采用的策略进行系统的总结。
2.设计和开发了各种外围功能模块,包括数据获取、数据验证、数据预处理、数据库通信。
3.设计并开发了基于BLAST的可变剪接搜索模块ASD(Alternative Splicing Detective)和相关的Parser模块,作为整个系统的核心部分。
4.建立了水稻可变剪接数据库,作为系统的另一个重要组成部分。
5.基于Gbrowse搭建了可变剪接信息浏览平台。
6.设计和实现了网页可视化的后台操作和管理模块。
通过这些工作,我们可以用这个可变剪接平台预测搜索水稻的可变剪接模式,可以用于相关的分子生物学实验,以指导实验的进行。