关键词:
肠道病毒
环境监测
下一代测序
遗传变异
多样性
摘要:
本研究通过环境污水监测和下一代测序(Next generation sequencing,NGS)技术来了解临沂市肠道病毒(Enterovirus,EV)的型别分布和遗传特征,为肠道病毒病的防控提供科学依据。我们从2019年1月至2021年12月,在山东省临沂市兰山区污水处理厂按月采集污水标本,使用阴离子膜吸附洗脱法对标本进行浓缩,接种RD、HEp-2、L20B细胞进行EV分离和型别鉴定;同时,提取污水浓缩液核酸,进行VP1部分编码区的RT-PCR扩增和扩增产物的NGS,分析不同EV型别的读序构成,并使用Mega 11.0和BioEdit 7.0进行序列分析。3年中共采集污水样本34份,其中从23份中分离到EV 257株,鉴定为8个型别;28份污水浓缩液核酸的RT-PCR反应呈阳性,通过NGS共检出29个EV型别,分别属于EV-A(8)、EV-B(15)、EV-C(6)。其中柯萨奇病毒B3型(Coxsackievirus B3,CVB3)、埃可病毒11型、CVA16型为读序数最多的3种血清型,分别占总读序数的24.5%、23.1%和8.2%,同时还检出肠道病毒A76型、A89型、A90型等3种新型EV,以及EV-A71、CVA4、CVA6、CVA10、CVA24等传统病毒分离方法难以从污水中检测到的型别。系统发生学分析显示国内的新型病毒与国外分离株的亲缘关系较远。由此我们得出结论,基于NGS技术的环境污水监测是探索EV区域性流行的敏感且有效的手段。临沂环境污水中存在多种肠道病毒的共循环,具有高度的遗传多样性。