关键词:
人类札如病毒
环境监测
下一代测序
分子流行病学
摘要:
札如病毒(Sapovirus, SaV)具有高度的遗传多样,是引起散发或暴发病毒性胃肠炎的重要病原体之一。为了解中国东部地区人类SaV的流行情况及其基因型多样性,本研究于2020年1月至2022年12月,在山东省济南市采集并处理了36份污水样本,实时荧光定量RT-PCR检测显示33份(91.67%)污水样本为阳性;使用巢式RT-PCR对部分VP1序列进行扩增,电泳显示16份样本为阳性(44.4%);对扩增产物分别进行下一代测序(Next generation sequencing, NGS)和分析,共鉴定出7种SaV基因型,属于GI、GII和GV三个基因群,包括5种主要基因型(GI.1、GI.2、GI.6、GII.1和GV.1)和2种不常见的基因型(GII.3和GII.5);研究期间内,优势基因型在2021年4月前后由GI.2型转换为GI.1型。基于部分VP1序列的系统发生学分析显示本地序列和外来序列在某些分支中聚集,具有密切的亲缘关系。本研究丰富了新冠疫情以来三年内札如病毒的分子流行病学特征,证明了基于NGS的环境污水监测可以增加人们对SaV流行状况的认识,对深入研究我国SaV的分布及流行具有重大意义。