关键词:
牛冠状病毒(BCoV)
全基因组
宏病毒组
S基因
遗传进化
摘要:
【目的】了解内蒙古地区牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)流行毒株的全基因组特征和遗传进化情况,为有效防控BCoV感染提供参考。【方法】本研究对疑似感染BCoV的犊牛脾脏进行宏病毒组测序和步移RT-PCR扩增,获得BCoV全基因组序列,并对其进行生物信息和遗传进化分析。利用Oligo 7.0软件设计特异性引物扩增S基因,并对其进行遗传进化、氨基酸序列变异、抗原表位预测及三级结构预测分析。【结果】本研究从疑似感染BCoV的犊牛脾脏中成功获得大小为30971 bp的BCoV全基因组序列,NCBI登录号为PP352170.1,该全基因组核苷酸序列与BCoV爱尔兰株ABGEB0-62相似性最高,为99.2%,并与该株亲缘关系最近,同时与BCoV法国株BCoV_2014_13和挪威株Nes_2012-01-03属于同一进化分支;扩增出的S基因核苷酸长度为4092 bp,与BCoV爱尔兰株ABGEB0-62 S基因序列亲缘关系最近,处于同一进化分支,但核苷酸序列与BCoV内蒙古株NMG1 S基因相似性最高,为99.4%;S基因编码的氨基酸与Mebus株比对发现,有15个氨基酸变异位点(S1亚基12个,S2亚基有3个),其中变异的氨基酸残基154、260、499-520、718、1192、1344位氨基酸处于抗原表位区,并导致S蛋白三级结构发生改变。【结论】本研究利用宏病毒组测序和基因组5′-端步移RT-PCR法获得内蒙古BCoV株全基因组序列,其S蛋白抗原表位区氨基酸位点发生变异和三级结构改变,预示S蛋白抗原性发生了改变;S1亚基的多态性区域氨基酸位点的变异预示S蛋白的致病性发生变化。