关键词:
炭疽芽胞杆菌
基因分型
经典单核苷酸多态性
多位点可变数目串联重复序列分析
遗传特征
中国
摘要:
目的 分析中国炭疽芽胞杆菌经典单核苷酸多态性(canSNP)和多位点可变数目串联重复序列分析 (MLVA)基因型多态性,掌握中国炭疽芽胞杆菌基因遗传特征。方法 收集中国20个省份的炭疽芽胞杆菌菌株,采用canSNP和15个串联重复序列位点的基因分型策略(MLVA15)进行基因型鉴定,分析不同分离来源菌株基因型的分布特征;采用Bionumerics5.1软件进行聚类分析,并计算各位点的Simpson指数。结果 533株中国炭疽芽胞杆菌均属于全球炭疽菌基因谱系中的A群,并具有全球12种亚群中的6种亚群,分别为***.001/002、***、***94、***.008/009、***和***.005/006,其中***.001/002亚群(占60.98%)是中国的主要流行谱系,各地区均有分布,***94(占14.26%)、***.008/009(占11.82%)和***(占4.69%)3个亚群主要分离自1980和1990年代的新疆地区,***亚群菌株主要来自内蒙古自治区,主要分离自2010年代,***.005/006亚群菌株最少,分离自2019年后。canSNP型在中国的地理分布不均衡,新疆、广西、青海、内蒙古、河北等省具有4~5种亚群,而四川等10省仅有一种亚群,新疆地区以***94和***.008/009为优势亚群,其余地区均以***.001/002为优势亚群。不同分离年代菌株的亚群分布有差异,在以***.001/002为主要流行亚群的基础上,1980和1990年代***.008/009、***和***94相继出现并流行传播,2000年后***型逐渐传播扩散,2019年***.005/006型被检测到,显示了炭疽菌株基因型的传播和变异趋势。研究菌株的MLVA15分型具有91个基因型,MLVA15分型结果与canSNP型基本一致,且各亚群内MLVA15的分型能力均较好。结论 本研究建立了中国炭疽芽胞杆菌canSNP和MLVA基因型数据库,掌握了中国炭疽杆菌基因型分布特征及其传播扩散趋势,为炭疽疫情防控及分子溯源技术提供了参考依据。