关键词:
超声处理
存储年限
DNA质量
片段完整性
降解程度
二代测序
摘要:
背景:新型超声组织处理技术越来越多地被用来进行分子生物学分析,研究新型超声处理不同存储年限组织DNA的质量,对进一步分子检测的标本质控具有重要意义。目的:探讨新型超声处理活检标本存储不同年限对DNA质量的影响,以期为分子检测探索最佳的标本存储时间。方法:收集40例乳腺穿刺小活检组织,采用超声技术制作石蜡标本,按照存储年限分为4组:<1年组、1-3年组、>3-5年组及>5年组,每组10例,对石蜡标本进行切片,每张切片厚3μm,切片10-15张,提取DNA后通过Nanophotometer N60超微量分光光度计和Qubit 4.0荧光计检测DNA的质量浓度,记录A_(260)/A_(280)比值判定DNA的纯度,利用全自动毛细管电泳核酸分析仪(Qsep 100)检测DNA片段完整性,以评估DNA片段的质量。结果与结论:4组样本A_(260)/A_(280)均值在1.8-2.0之间,达到纯度要求,无明显差异。4组样本的DNA质量浓度(Qubit浓度)均值分别为30.39,14.33,2.52,1.95 ng/μL;DNA的平均N/Q比值分别为6.48,14.18,24.56,29.86;DNA质量数均值分别为5.64,1.76,1.24,0.80;大片段占比均值分别为56.08%,17.72%,12.68%,7.90%。PCR检测内控基因Ct均值分别为15.32,17.09,18.39,21.24。与<1年组相比,其余3组DNA浓度显著降低,N/Q比值显著增加,DNA质量数和大片段占比均值显著降低,Ct值升高,差异有显著性意义(P<0.05)。实验结果表明,对于新型超声处理活检标本,应优先选择存储<1年的样本进行日常分子检测,储存3年内的样本可满足二代测序等检测要求,5年内样本仅可尝试进行PCR等检测,存储超过5年的样本不建议进行后续分子检测。